Il territorio è in buona parte pianeggiante, soltanto alcune aree sono montuose, in special modo nella parte sud-occidentale e nelle estremità orientali del Paese, con rilievi che comunque non superano mai i duemila metri d'altezza; la cima più alta della Cambogia è il Phnum Aôral (1.813 m.).
Quasi tutti i corsi d'acqua fanno parte del bacino idrografico del Mekong (510 Km il tratto cambogiano, totale 4.350 Km), di gran lunga il fiume più importante del Paese e che nel periodo di piena si gonfia oltre gli argini abituali, inondando ampie aree adiacenti al suo letto.
In Cambogia si trova il più ampio lago dell'Indocina, il Tonlé Sap, fondamentale per regolare le acque del Mekong, visto che nella stagione delle piogge aumenta la superficie da 2.700 Km² a ben 10.360 Km², allagando un'area che arriva fino alla periferia della capitale Phnom Penh.
I chilometri di coste sul Golfo del Siam sono 440, sono presenti anche alcune isole, le maggiori sono Koh Kong (100 Km²), Koh Rong (78 Km²) e Koh Thmei (40 Km²).
Il clima è di tipo monsonico tropicale e presenta quindi una stagione più umida fra Maggio ed Ottobre ed un'altra con precipitazioni minori, non ci sono grandi differenze di temperature fra estate ed inverno, anche se nelle zone più interne ed elevate fa solitamente più fresco.